Back | Home | Next

DNA Declarations

ANNA  K5

@

Home
Glossary
Objectives
Formalism
Morphology
Physiology
Connectors
Serialization
Traits
Methods
Claims
Relations
Dictionary
Core UML
Ring1 Apps
Tiger Server
Features
History
ToDo
Authors
API
Images
ToDo
DNA Declarations
Physiology RO
Real Time RO
ANNA as an Eco System RO
HMM Generator
ERP

 

Istoria reviziilor

Date/Reviser

Comment

May 29, 2010

Alexander Mihail

S-a pornit lucrul la document

May 30, 2010

Alexander Mihail

 

First good shape

June 06,2010

Alexander Mihail

Added Enzyme diagrams

 

Contents

1        Obiectiv. 1

2        Super-declaratii in sistemul de operare ANNA Metacore 5. 2

2.1         Definitia unei super-relatii de agregare: 2

2.2         Notatia. 2

2.3         Definitii de tip ssDNA. 2

2.4         Definitii de tip hairpin DNA.. 3

2.5         ADN atributat 4

2.6         Definitii de ADN cu zone lipicioase. 4

2.7         Relatie complexa de agregare metamorfica. 4

2.8         Exemplu de program (partea declarativa) 5

2.9         Translatarea declaratiilor bazate pe ADN.. 5

3        Definirea enzimelor 6

4        Referinte. 6

5        Reluarea experimentelor "in-silicon-vitro". 7

5.1         Masina Turing. 7

5.2         Masina Meley. 7

5.3         Masina Moore. 8

6        Simularea supei organice intr-un alocator 2D.. 9

 

1           Obiectiv

In prezenta lucrare postulatul fundamental al informaticii edictat de Niklaus Writh "Algorithms + Data Structures = Programs" in cartea sa cu acelasi nume nu va mai fi valabil. Ecuatia fundamentala a informaticii este pur si simplu program=datastructure=algoritm=structura..

 

Teza de la care pornesc este ca lumea este definita de tripletul (morfologie, topologie, fiziologie) notiuni reductibile deasemenea la Structura. Urmaresc, ca scop de lunga durata ce acopera cea mai mare parte a carierei mele, sa inchid un arc intre genetica si tehnologia sistemelor de operare de impreuna cu compilatoarele acestora. Dincolo de multele - dar uneori si utilele - discutii cu caracter filozofic, voi insista asupra utilitatii practice a reformularilor si remodelarilor pe care le propun.

 

In plan practic justificarea lucrarii vine din cateva directii:

1.      nevoia de a experimenta cu ADN intr-un simulator SW, iar acesta trebuie conceput.

2.      simulatorul va trebui sa se demonstreze pe sine cel putin reland problema lantului hamiltonian, a clicii maximale, a satisfacerii, si a masinii turing.

3.      necesitatea exprimarii declarative a unor probleme altminteri functionale cum este metamorfoza structurilor in timpul executiei sistemului.

4.      necesitatea de a o rescrie pe ANNA in urmatoarea sa versiune intr-un limbaj de programare propriu si care sa fie cel putin o generatie in fata uneltelor de la Microsoft.

5.      caut prin ADN un raspuns coerent la chestiuni legate de reducerea automata de cod si de echivalare a programelor.

 

In esenta, aceasta lucrare trateaza o metoda de reducere considerabila a complexitatii sistemelor software, prin aplicarea unor metode de pattern-matching si reducere de origine genetica. In prima parte vom discuta tipuri de date introduse prin lanturi ADN. In partea a doua vom relua discutia despre morfologie versus topologie si vom arata modurile in care metamorfoza structurala - aptitudine absolut necesara in sistemele de operare si in compilatoarele de generatie urmatoare - poate fi gestionata prin manipularea ADN-ului continut in nucleul sistemului.

 


 

 

2           Super-declaratii in sistemul de operare ANNA Metacore 5.

Definitiile si delaratiile limbajelor de programare introduc in programe tipuri noi de date prin formarea de relatii intre tipurile deja existente. Algoritmii folosesc aceste structuri de date. Relatiile intre tipurile de date sunt in principiu simple si denota o incluziune elementara a tipului destinatie in substanta tipului sursa. In parlanta UML le notam  cu sageti. O declaratie simpla in limbajul PASCAL: var Vector: Integer[10]; agrega (aduce) 10 intregi in scopul curent sub eticheta Vector prin care aceast bloc va fi ulterior cunoscut si utilizat. Scopul curent in acest caz este ultima fereastra de pe stiva firului de executie curent.

2.1         Definitia unei super-relatii de agregare:

Putem exploata notiunea de ADN ca insemnand un conector multiplu intre structuri. Vom simplifica astfel declaratiile relatiilor dobandind si un grad mai inalt de flexibilitate a exprimarii.

Pentru a lucra cu ADN in cadrul programelor noastre ne trebuie: notatia cu care sa reprezentam orice forma de ADN cunoscuta, un constructor pentru structurile descrise care sa formeze complexele morfologice compatibile cu sistemul de operare. si un compilator de asemenea siruri care sa gideze constructorul..

2.2         Notatia

Propun urmatoarea notatie:

1.      A,C,G,T denota nucleotide conectate la perechea corespunzatoare. Acestea semnifica relatii complet satisfacute de agregare sau de folosinta intre structuri.

2.      Minusculele a, c, g, t denota nucleotide neconectate si relatii incomplete.

3.      Cu semnul _ am notat absenta unei nucleotide intr-un sub-sir care trebuie sa corespund pozitional altui subsir.

4.      Litera V denota "intoarcerea" unui subsir asupra celui de dinainte pentru posibila anelare.

5.      Litera v indica o concavitate a sdDNA care opreste imperecherea nucleotidelor marcate cu litere mari.

6.      Declaratiile pot fi de folosinta (use), de agregare prin referinta (ref), sau de agregare prin valoare (have), in ordinea crescatoare a puterii lor de agregare.

7.      Perechile AT si CG induc relatii directionale intre capete.

8.      O nucleotida cu inteles special se va nota cu $ si va insemna "self" sau "auto".

9.      Pentru facilitarea notarii de secvente ADN in format multi-linie introducem simbolul special ! care inverseaza sensul de parcurgere al sirului care urmeaza.

Unele observatii:

10.  Structurile programelor corespund genelor.

11.  Nucleotidele unui ADN sunt zise a fi "de tipul" A, C, G, T. Tipurile nucleotidelor sunt si ele obiecte ale categoriei genelor.

12.  Simbolul $ "self" se substituie oricarui tip, fie el gena, ADN sau baza.

 

 

2.3         Definitii de tip ssDNA.

In exemplul urmator, relatia ssDNA introduce o serie de relatii directionale de la structura A catre structura B prin capetele de relatie a si c, dar si invers, de la B catre A, prin capetele de relatie t si g.

    

ref ssDNA: A acgtacgtacg B;

 

Relatia are graful alaturat.

 

 

 

 

2.4        

 

 

 

Definitii de tip hairpin DNA

Hairpinul este structura ADN cu gradul cel mai mare de generalitate. Lanturile single-strand sau cele incomplete sunt cazuri particulare de hairpin.

 

Urmatoarea formula defineste un hairpin cu 4 stranduri prin notatia convenita anterior:

 

// Super-declaration

ref Hairpin4:

    GeneA ac__GTACgTAcg null V__

    GeneB TA_vc_GTAC null V

    GeneN GTACt_va_CG null _V

    AleleC aCGg_GT

    AleleD ACtg__ null;

 

 

 

 

Graful Hairpin4 nu reprezinta atat ADN-ul initial cat generalizarea sa in morfologia unui sistem. Morfologia genereaza un multiset ADN prin proiectie.

 

Rezultatul compilarii unui ADN este constructia unei morfologii.

 

ADN-ul este o forma serializata de morfologie.

 

2.5         ADN atributat

In aplicatiile noastre informatice lucram cu secvente profund repetitive. Vom avea siruri de AAAAAACCCCCCC....(2) unde gradul de repetitie al lui A poate  fi de 1M pentru a crea buffere, cozi, stive, vectori, etc. Vom modifica notatia introdusa la 2.1 sa includa factorul de repetitie al oricarei nucleotide care apare in sir mai mult decat odata. Dupa cum se va vedea acest factor este echivalentul cardinalitatii relatiei de agregare la unul din capete. Expresia repetitiva (2) se rescrie acum A5C6... Modificarea notatiei nu compromite raportul modelului cu lumea reala. Extindem insa notatia cu inca un simbol prefix: * pentru relatiile de continere prin referinta. Existenta acestora tipuri de agregare in natura nu este evidenta si o discutie despre prezenta lor necesita precizie in a separa planul morfologic - al genelor, de cel topologic, al obiectelor concrete. Emit insa ipoteza ca cele doua perechi AT si CG, ar putea codifica diferentiat cele doua relatii de agregare cunoscute: prin valoare si prin referinta, legaturi tari si legaturi slabe in plan morfologic.

 

2.6         Definitii de ADN cu zone lipicioase

Urmatoarele definitii introduc in scopul curent ADN-uri cu capete lipicioase

 

//Sticky ends bottom left and right

ref StickyBLBR:

    GeneA  ____ACGTACGT____ null V

    GeneB !tcgaTGCATGCAtcga null;

//Sticky ends top left and bottom right

ref StickyTLBR:

    GeneA  acgtACGTACGT____ null V

    GeneB !____TGCATGCAtcga null;

//Sticky middle

ref StickyBLBR:

    GeneA  ACGT________ACGT null V

    GeneB !TGCAtgcatgcaTGCA null;

 

2.7         Relatie complexa de agregare metamorfica

ADN-ul din clauzele variabilei WorkersAndCompany este atributat. Simbolul * denota o relatie de agregare prin referinta. Fiecare secventa numerica definesc cardinalitatea caracterului genetic anterior. pe care-l califica. In agregatul format se disting 3 relatii de continere prin valoare si doua prin referinta. Se observa cardinalitatea de 1 a relatiei "Companie are Worker", unde 7 fusesera specificati. Motivul este cardinalitatea maxima de 1 la nucleotida *A a lui Worker care are precedenta fata de nucleotida T7 a lui Company. Declaratiile de tim DNA nu trebuie neaparat sa fie consistente, ele fiind in principiu intr-o perpetua schimbare. Aceasta declaratie se va putea ulterior desface, iar cardinalitatile agragarilor vor fi atunci diferite.

 

// Worker belongs to a company,

// Worker has a name of 32 chars.

// Worker has a 16 chars job description.

// Company has 2 special workers.

// Company has 7 workers.

// Company has a name of 25 chars.

 

have WorkersAndCompany:

    Worker  *T2*AC32A16 null V

    char    T16G32vT25 null V

    Company A25T7*A2 null;

2.8         Exemplu de program (partea declarativa)

// single strand from A to null

ref ssDNA: A acgtacgtacg B;

 

// 4-arm cross hairpin

ref Hairpin4:

    GeneA acGTACgvTAcg null V__

    GeneB TAvcGTAC null V

    GeneN GTACtvaCG null _V

    AleleC aCGgVGT

    AleleD ACac null;

 

// double stranded DNA

ref dsDNA:

    GeneP GTACGTA null V

    GeneQ TACGTAC null;

 

// single double stranded DNA

ref sdDNA:

    int GTacgTA null V

    bit TA___AC null;

 

// Worker belongs to a company of 25 workers, Worker has a name of 32 chars. Worker has a job description of 16 chars. Company has 2 special workers. Company has 7 workers. Company has a name of 25 chars.

 

have WorkersAndCompany:

    Worker  *T2*AC32A16 null V

    char    T16G32vT25 null V

    Company A25T7*A2 null;

 

Figure 2: Structura morfologica rezultata din compilarea celor 5 declaratii: ssDNA, Hairpin4, dsDNA, sdDNA si WorkersAndCompany. Se remarca zona independenta GeneP-GeneQ introdusa de dsDNA, zona independenta Company-Worker-char,. Celelalte 3 structuri depind de gena nula catre care duc toate legaturile incomplete.

2.9         Translatarea declaratiilor bazate pe ADN

Urmatoarea structura a fost decompilata in formatul nativ al sistemului ANNA K5 corespunzator structurilor incarcate anterior de catre constructorii ADN. Aceste declaratii pot fi in continuare translatate in C++.

 

DNAs

{

TYPE GeneA

{

null*a_; /* id=1; @=1; */

null*c_; /* id=2; @=1; */

AleleC*AT; /* id=7; @=1; */

AleleC*CG; /* id=8; @=1; */

GeneA*g_; /* id=9; @=1; */

GeneB*AT; /* id=11; @=1; */

null*c_; /* id=12; @=1; */

GeneA*g_; /* id=13; @=1; */

};

TYPE null;

TYPE GeneB

{

GeneA*TA; /* id=10; @=1; */

null*c_; /* id=14; @=1; */

GeneN*AT; /* id=18; @=1; */

GeneN*CG; /* id=19; @=1; */

};

TYPE GeneN

{

GeneB*TA; /* id=17; @=1; */

GeneB*GC; /* id=16; @=1; */

null*_t; /* id=15; @=1; */

null*a_; /* id=20; @=1; */

AleleC*CG; /* id=22; @=1; */

};

TYPE AleleC

{

AleleC*_a; /* id=24; @=1; */

GeneN*GC; /* id=23; @=1; */

null*_g; /* id=21; @=1; */

};

TYPE AleleD

{

GeneA*TA; /* id=6; @=1; */

GeneA*GC; /* id=5; @=1; */

null*_t; /* id=4; @=1; */

null*_g; /* id=3; @=1; */

};

THREAD Hairpin4/* 4-arm cross hairpin */

TYPE GeneP

{

GeneQ*AT; /* id=3; @=1; */

GeneQ*CG; /* id=4; @=1; */

GeneQ*AT; /* id=7; @=1; */

};

TYPE GeneQ

{

GeneP*TA; /* id=6; @=1; */

GeneP*GC; /* id=5; @=1; */

GeneP*TA; /* id=2; @=1; */

GeneP*GC; /* id=1; @=1; */

};

THREAD dsDNA/* double stranded DNA */

TYPE int

{

null*a_; /* id=3; @=1; */

null*c_; /* id=4; @=1; */

int*g_; /* id=5; @=1; */

bit*AT; /* id=7; @=1; */

};

TYPE bit

{

int*TA; /* id=6; @=1; */

int*TA; /* id=2; @=1; */

int*GC; /* id=1; @=1; */

};

THREAD sdDNA/* single double stranded DNA */

TYPE Worker

{

Company*AT; /* id=2; @=1; */

char CG[32]; /* id=3; @=32; */

char AT[16]; /* id=4; @=16; */

};

TYPE char;

TYPE Company

{

char TA[25]; /* id=5; @=25; */

Worker TA[7]; /* id=1; @=1; */

};

THREAD WorkersAndCompany/* Worker belongs to a company of 25 workers, Worker has a name of 32 chars. Worker has a job description of 16 chars. Company has 2 special workers. Company has 7 workers. Company has a name of 25 chars. */

};


 

3           Definirea enzimelor

3.1         Notarea enzimelor nepalindromice

Definitiile de tipuri din sectiunea anterioara creaza ADN-uri simplu sau dublu inlantuite, complet sau incomplet dublu inlantuite,

Enzimele au urmatoarea forma generala: site, brat comun, cap de taire.

Reutilizand notatia introdusa la 2.2, enzima FocI ar avea urmatoarea definitie:

 

have FocIa $  GGATC$$$$$$$$$$$$$V

             !CCTAG$$$$$$$$$____;

 

sau simetricul sau

 

have FocIb $  GGATC$$$$$$$$$____V

             !CCTAG$$$$$$$$$$$$$;

 

 

 

 

 

 

Din notatie se remarca urmatoarele:

1.      enzima ne atasata se are pe sine drept unic domeniu genetic.

2.      Simbolul $ apare in notatie cu doua intelesuri distincte: prima sa aparitie este specificatorul de domeniu genetic pentru enzima, iar aparitiile ulterioare creaza un brat care nu este anelabil cu nici o structura din sistem.

3.      Legaturile bratului sunt de la sin catre sine.

4.      Legaturile nesatisfacute ale bratului se constituie in echivalentul unui sticky-end de la enzima catre, ca si in cazul ADN-urilor incomplete, duc catre domeniul genetic null.

5.      Pot fi definite structuri mixte atat cu caracter de ADN cat si de enzima.

 

 

4           Referinte

1

Determinarea prin ADN a clicii maximale

Peter D. Kaplan,

2

Calcul cu hair-pin in ADN

Masami Hagiya

3

Sticker DNA computer model

XU Jin

4

DNA Implementation of Turing Machine

Paul Wilhelm

 

Superpozitia Watson-Crick

 

 

Aqueous computing

 

 

Automatul Bennenson

 

 

Calcul cu ADN pe suprafete

 

 

Auto-asamblarea placilor ADN

 

 

Un model sintactic al diferentierii celulare

 

 

Automate Watson-Crick

 

 

www.Anna.ProximaCentauri.ro

 

 

 

 

 


 

 

5           Reluarea experimentelor "in-silicon-vitro"

5.1         Masina Turing

File:Universal Turing machine.svg

Hopcroft and Ullman (1979, p. 148) formally define a (one-tape) Turing machine as a 7-tuple M= \langle Q, \Gamma, b, \Sigma, \delta, q_0, F \ranglewhere

  • Q is a finite set of states
  • Γ is a finite set of the tape alphabet/symbols
  • b \in \Gammais the blank symbol (the only symbol allowed to occur on the tape infinitely often at any step during the computation)
  • \Sigma\subseteq\Gamma\setminus\{b\}is the set of input symbols
  • q_0 \in Qis the initial state
  • F \subseteq Qis the set of final or accepting states.
  • \delta: Q \setminus F \times \Gamma \rightarrow Q \times \Gamma \times \{L,R\}is a partial function called the transition function, where L is left shift, R is right shift. (A relatively uncommon variant allows "no shift", say N, as a third element of the latter set.)

Anything that operates according to these specifications is a Turing machine.

5.2         Masina Meley

File:Mealymachine jaredwf.pngA Mealy machine is a 6-tuple, (S, S0, Σ, Λ, T, G) , consisting of the following:

  • a finite set of states (S)
  • a start state (also called initial state) S0 which is an element of (S)
  • a finite set called the input alphabet (Σ)
  • a finite set called the output alphabet (Λ)
  • a transition function (T : S × Σ → S) mapping a state and the input alphabet to the next state
  • an output function (G : S × Σ → Λ) mapping each state and the input alphabet to the output alphabet

 

5.3         Masina Moore

 Moore machine can be defined as a 6-tuple ( S, S0, Σ, Λ, T, G ) consisting of the following:

  • File:Moore Machine.PNGa finite set of states ( S )
  • a start state (also called initial state) S0 which is an element of (S)
  • a finite set called the input alphabet ( Σ )
  • a finite set called the output alphabet ( Λ )
  • a transition function (T : S × Σ → S) mapping a state and the input alphabet to the next state
  • an output function (G : S → Λ) mapping each state to the output alphabet

 

 


 

 

6           Simularea supei organice intr-un alocator 2D

1.      Trei alocatoare de memorie sincronizate prin morfismele spatiilor de adresare.

2.      Un alocator L (left) de memorie uni-dimensional permite existenta si deplasarea peretelui de zahar-fosfat in care sunt prinse nucleotidele celor 4 tipuri ATGC. Structurile nu se pot intersecta.

3.      Un al doilea alocator de memorie R (right),

4.      Un al trei-lea alocator de memorie E folosit pentru atac cu enzime.

5.      Se asigura un izomorfism intre fiecare pereche de alocatoare.

6.      Fiecare nucleotida are un indicator de legatura.

7.      Doua tipuri de conectori directionali: AT si GC.

8.      Molecule de hidroxyl.

9.      Molecuele de deoxyriboza, hidroxyl, adenina, timina, guanina, citosina, sunt de aceeasi dimensiune in alocator.

10.  Un scop unic ierarhizeaza toate obiectele.

11.  Vectorii perete sunt obiecte allocate recursiv.

12.  Constructorul unei asemenea structuri ia ca argument n numarul de nucleotide si buferul serial din alfabetul ATGC dupa care construieste legaturile. La capetele legaturilor se cauta noduri libere in scop.

13.  Un constructor de legare cauta nucleotide complementare in supa organica.

14.  Relocatarea vectorilor nu permite recombinarea.

 

 


 

 

 

ANNA

 

 

 

 

X:\Sources.DEV\SATURN.OS\MORPH\documents.new\Covalence of atoms in the morphic core of ANNA.doc

 

 

 

 

 

 

 

 

Modele

 

 

 

 

1

 

MODELS\Biochemistry.ppt

 

 

 

MODELS\Biochemistry_3.ppt

 

 

 

MODELS\Ciliates.ppt

 

 

 

MODELS\conferinta_feb.ppt

 

 

 

MODELS\Curs2.ppt

 

 

 

MODELS\history_1.ppt

 

 

 

MODELS\NCLP.ppt

 

 

 

 

 

2

 

 

 

3

 

 

 

 

Carti

 

 

 

 

1

INTRODUCTION

TO THE CELL

Carti\Alberts_carte_cell\part1\cap1\ch01final.pdf

Bruce Alberts, Alexander Johnson, Julian Lewis, Martin Raff, Keith Roberts, and Peter Walter.

 

DNA REPLICATION,

REPAIR, AND

RECOMBINATION

Carti\Alberts_carte_cell\part2\ch05final.pdf

 

 

THE CELL CYCLE

AND PROGRAMMED

CELL DEATH

Carti\Alberts_carte_cell\part4\ch17final.pdf

 

 

 

 

 

2

Computation in Living Cells,

Gene Assembly in Ciliates

Carti\ciliate.pdf

Andrzej Ehrenfeucht, Tero Harju, Ion Petre,

David M. Prescott, Grzegorz Rozenberg

 

DNA Computing, New Computing Paradigms

Carti\PaunRozenbergSalomaa.pdf

G. Paun

G. Rozenberg

A. Salomaa

 

 

 

 

 

Referate

1

Aqueous Computing

referate\aqueous computing\aqueous computing.pptx

 

 

referate\aqueous computing\Aqueous2.pdf

 

 

referate\aqueous computing\Aqueouspdf.pdf

 

 

referate\aqueous computing\fulltext.pdf

2

Automatul Benenson

referate\Automatul Benenson\10.1.1.90.3972.pdf

 

 

referate\Automatul Benenson\Automatul Benenson.doc

3

CALCUL   CU   HAIRPIN   ÎN   ADN

referate\Calcul cu hairpin in ADN\Hagiya_Sakamoto_Science_2000.pdf

 

 

referate\Calcul cu hairpin in ADN\Prezentare.pptx

4

dna turing machine

referate\dna turing machine\article.pdf

 

 

referate\dna turing machine\slides.pdf

 

 

referate\dna turing machine\slides+notes.pdf

5

O solutie DNA a problemei clicii maximale

 

referate\O solutie DNA a problemei clicii maximale.pptx

 

 

referate\Clique.pdf

6

Auto-asamblarea placilor ADN

referate\Proiect Sisteme Biologice v1.ppt

7

SUPERPOZITIA WATSON-CRICK

referate\Superpozitia\SUPERPOZITIA WATSON-CRICK.pptx

 

 

referate\Superpozitia\TOCS.pdf

8

Calculul DNA pe suprafete

referate\Surface based DNA computing\calcul DNA pe suprafete - partea 2.pdf referate\Surface based DNA computing\calcul DNA pe suprafete1.ppt referate\Surface based DNA computing\Liu_Smith_Nature2000.pdf referate\Surface based DNA computing\RMC56.pdf referate\Surface based DNA computing\RMC68.pdf referate\Surface based DNA computing\RMC73.pdf referate\Surface based DNA computing\4748.pdf

9

Un model sintactic al diferentierii celulare

referate\Un model sintactic al diferentierii celulare\IPCAT_BioSys.pdf referate\Un model sintactic al diferentierii celulare\Un model sintactic al diferentierii celulare.docx referate\Un model sintactic al diferentierii celulare\Un model sintactic al diferentierii celulare.pdf

10

introducere in Self-Assembly

referate\introducere in Self-Assembly\prezentare.ppt

referate\introducere in Self-Assembly\sierpinski.swf

referate\introducere in Self-Assembly\document.doc

11

automate watson crick

referate\automate watson crick.pdf

12

Systeme sticker

referate\Sticker\Sticker systems.pdf

 

Articole

 

 

 

 

Sisteme splicing

splicing.ppt splicing.pdf

 

Peptide

PEPTIDE COMPUTING.ppt HP_peptide.ppt

1

Algorithmic Self-Assembly of DNA:

Articole\algSA_JBSD.pdf

2

Automatul Benenson

Articole\BenensonAutomata_TCS2005.pdf

3

Two Computational Primitives for

Algorithmic Self-Assembly: Copying

and Counting

Articole\binary_counters_NanoLetters2005.pdf

4

DNA Turing Machine

Articole\dimacs.pdf

5

RNA solutions to chess problems

Articole\Faulhammer2000.pdf

6

DNA Computing by Self-Assembly

Articole\FOE_2003_draft.pdf

7

State transitions by molecules

Articole\Hagiya_Sakamoto_Biosystems_1999.pdf

8

Molecular Computation by DNA Hairpin Formation

Articole\Hagiya_Sakamoto_Science_2000.pdf

9

Molecular Assembly and Computation: From Theory to Experimental Demonstrations

Articole\ICALPassemble.pdf

0

A computational model for cell differentiation

Articole\IPCAT_BioSys.pdf

1

Experimental Progress in Computation by

Self-Assembly of DNA Tilings

Articole\labean.pdf

2

On the computational power of DNA Annealing and Ligation

Articole\ligation.pdf

3

DNA computing on surfaces

Articole\Liu_Smith_Nature2000.pdf

4

Programmable control of nucleation for algorithmic self-assembly

Articole\Nucleation_arxiv.pdf

5

COMPLEXITY OF SELF-ASSEMBLED SHAPES

Articole\SAshapes_arxiv.pdf

6

Algorithmic Self-Assembly

of DNA Sierpinski Triangles

Articole\SierpinskiDNA_PLoS2004.pdf

7

String Tile Models for DNA Computing by Self-Assembly

Articole\stringtiles.pdf

8

Superposition Based on Watson–Crick-Like Complementarity

Articole\TOCS.pdf

9

Construction, Analysis, Ligation, and Self-Assembly of DNA Triple

Crossover Complexes

Articole\triplex.pdf

 

 


Hit Counter Created on 05/27/2009 06:39:11 AM, modified on 05/27/2009 06:39:11 AM

Home

Home | Feedback | Contents | Search

Send mail to webmaster@ProximaCentauri.ro with questions or comments about this web site.
All principles and artwork exposed on this site or by our software products is our intellectual property. 
Copyright © 2006 Proxima Centauri Romania SRL. Last modified: 05/27/09